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黑水城位于额济纳河下游的巴丹吉林沙漠的边缘地带，因旁边有祁连山的雪水汇成黑水河流过，所以取名为黑水城。黑水城始建于公元十一世纪初，是西夏王朝设在北部边境的一座重要的军事城堡，也是西夏十二军司之一黑山威福军司的老巢，故又有“威福军城”之称。
西夏鼎盛时期时，黑水城已不再是一座单纯的军事城堡，逐渐变成一座经济、文化都较为发达的繁荣城市。当时的黑水城内，官署、民居、店铺、驿站、佛教寺院以及印制佛经、制作工具的各种作坊布满了城区，一派繁荣昌盛的景象持续了近两百年之久。
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公元1226年，成吉思汗率领蒙古大军征伐西夏，首先攻克了黑水城，在这里设置了亦集乃路总管府。元朝时期的黑水城，不仅是一座人口众多，经济发达的繁荣城市，而且还是当时“北走岭北、西抵新疆、南通河西、东往银川”的交通要道和元朝西部地区的军事、政治、文化中心。
公元十四世纪中叶，黑水河改道，昔日的绿洲，被沙漠吞噬，变成了一片荒漠。曾经繁华的黑水城也变成了一座荒废的空城。 二十世纪初，俄国军人科兹洛夫和英国人斯坦因才在黑水城发现了大量的西夏文献，并偷运出境。这一发现被公认为是继十九世纪末、二十世纪初殷墟甲骨、敦煌遗书之后的中国第三大考古文献发现。
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黑水城曾是西夏历史上传奇的古城，也是迄今丝绸之路上保存最完整的一座古城池。这里有秦汉时期辉煌的居延文明，西夏时期灿烂的水城文化。曾出土2万多枚居延汉简和8000多件（册）黑水城西夏文献。黑水城区域在上世纪八十年代还发现了元代伊斯兰教徒的数百座墓葬，并出土了元代阿拉伯伊斯兰教徒的木乃伊，这是继西夏文明被发现后的又一重大考古发现。
